Pet dana kodiranja, genomike i farmakogenomike okupilo je 36 mladih istraživača u Splitu na prvoj letnjoj školi bioinformatike InnoThyroGen.
Prva letnja škola bioinformatike InnoThyroGen održana je od 1. do 5. septembra 2025. godine u Mediteranskom institutu za nauke o životu (MedILS) u Splitu. Kao deo projekta Horizon Europe InnoThyroGen, događaj je okupio 36 učesnika, uključujući studente, doktorande i postdoktorske istraživače.
Organizatori su osmislili program koji kombinuje teoriju sa praksom. Ovaj pristup je učesnicima pružio priliku da ojačaju svoje računarske veštine i odmah ih primene u istraživanju genomike i farmakogenomike.
Uvod: Letnja škola bioinformatike InnoThyroGen 2025. u Splitu
Letnja škola bila je prva od tri planirana događaja u okviru projekta InnoThyroGen. Tokom pet dana, učesnici su stekli uvid u bioinformatičke alate, kodiranje, genomske tokove rada i primene farmakogenomike.
Dan 1: Osnove Pajtona i veštačka inteligencija u kodiranju
Letnja škola je otvorena pozdravnim govorima Andree Gelemanović (MedILS UNIST i MEFST) i Nikole Kotura (IMGGE). Nakon toga, Nikolina Pleić (MEFST) je predstavila projekat InnoThyroGen.
Kasnije je Novak Martinović (Persida) predstavio osnove programiranja u Pajtonu, a Petar Kekez (Sharp Agency) objasnio kako veštačka inteligencija podržava kodiranje. Prvi dan je ostao više teoretski, što je pomoglo učesnicima da se postepeno pripreme za intenzivne dane koji su pred njima.
Dan 2: Praktični rad sa Pajtonom, obrada prirodnog jezika i veliki jezički modeli
Drugog dana, učesnici su proveli ceo program na kodiranju u Pajtonu. Nevena Vučinić i Novak Martinović (Persida) vodili su ih kroz praktične vežbe.
Pored toga, sesije su istraživale obradu prirodnog jezika (NLP) i velike jezičke modele (LLM) za biomedicinska istraživanja. Intenzivno kodiranje je bilo zahtevno. Međutim, takođe je postalo jedno od najistaknutijih delova Letnje škole.
Dan 3: Analiza genomskih podataka i obuka za Linux
Sreda je pomerila fokus na genomske tokove rada. Branka Zukić (IMGGE) predstavila je tok rada sekvenciranja sledeće generacije. Nakon njene sesije, Nevena Vučinić (Persida) je predstavila analizu genomskih podataka pomoću NextFlow-a.
Štaviše, Biljana Stanković (IMGGE) održala je popularno predavanje o osnovama Linux-a. Popodne je Đorđe Pavlović (IMGGE) vodio praktične sesije o mapiranju sirovih očitavanja i otkrivanju varijanti, koje su učesnici smatrali izuzetno korisnim.
Dan 4: Farmakogenomski alati i praktične primene
Četvrtak je bio fokusiran na farmakogenomiku (PGx). Branislava Gemović (C4IR) objasnila je genomske repozitorijume, a zatim je Nikola Kotur (IMGGE) predstavio PGx baze podataka i bioinformatičke alate. Kasnije je Marina Jelovac (IMGGE) predstavila populacionu farmakogenomiku.
Popodne je Marina Jelovac takođe demonstrirala alat Stargazer. Nakon toga su Biljana Stanković i Nikola Kotur predstavili alat PharmCAT. Obe sesije su se istakle po svojim praktičnim primenama.
Dan 5: Anotacija varijanti, HLA tipizacija i buduće veštine
Poslednji dan je počeo sa Ivom Sabolić (Labena), koja je predstavila anotaciju varijanti. Zatim se
Završne reči Andree Gelemanović i Nikole Kotura privele su program kraju. Njihove poruke su naglasile važnost saradnje i kontinuiranog učenja.
Timski rad i umrežavanje na Letnjoj školi
Tokom cele nedelje, učesnici su se međusobno podržavali tokom vežbi. Kao rezultat, timski rad je postao definišuća karakteristika događaja.
Bilo je jasno da, iako je teorija pružila osnovu, učesnici su preferirali praktične sesije. Ove aktivnosti su im omogućile da direktno primene znanje, što je održavalo visok nivo angažovanosti.
Pogled u budućnost: Još letnjih škola iz bioinformatike i farmakogenomike
Uspeh prve letnje škole InnoThyroGen potvrdio je vrednost kombinovanja računarske obuke sa biomedicinskim istraživanjima.
Organizatori se zahvaljuju svim učesnicima na njihovoj posvećenosti i svim predavačima na njihovim doprinosima. Ovo je bila prva od tri planirane letnje škole u okviru projekta InnoThyroGen.
Sledeća izdanja će se nadograditi na ovaj zamah i ponuditi nove mogućnosti mladim istraživačima da ojačaju svoje veštine u bioinformatici i farmakogenomici.
📢 Ostanite u toku sa ažuriranjima, pratite naše kanale i ne propustite priliku da se pridružite sledećoj letnjoj školi InnoThyroGen!
