Pet dana kodiranja, genomike i farmakogenomike okupilo je 36 mladih istraživača u Splitu na prvoj InnoThyroGen ljetnoj školi bioinformatike.
Prva InnoThyroGen ljetna škola bioinformatike održana je od 1. do 5. rujna 2025. u Mediteranskom institutu za istraživanje života (MedILS) u Splitu. Kao dio projekta Obzor Europa InnoThyroGen, događaj je okupio 36 sudionika, uključujući studente, doktorande i postdoktorske istraživače.
Organizatori su osmislili program koji kombinira teoriju s praksom. Ovaj je pristup sudionicima pružio priliku da ojačaju svoje računalne vještine i odmah ih primijene na istraživanje genomike i farmakogenomike.
Uvod: InnoThyroGen ljetna škola bioinformatike 2025 u Splitu
Ljetna škola bila je prvi od tri planirana događaja u sklopu projekta InnoThyroGen. Tijekom pet dana sudionici su stekli uvid u bioinformatičke alate, kodiranje, tijekove rada u genomici i primjenu farmakogenomike.
1. dan: Osnove Pythona i umjetna inteligencija u kodiranju
Ljetna škola započela je pozdravnim govorima Andree Gelemanović (MedILS UNIST & MEFST) i Nikole Kotura (IMGGE). Nakon toga, Nikolina Pleić (MEFST) predstavila je projekt InnoThyroGen.
Kasnije je Novak Martinović (Persida) predstavio osnove Python programiranja, a Petar Kekez (Sharp Agency) objasnio je kako umjetna inteligencija podržava kodiranje. Prvi dan bio je više teorijski, što je sudionicima pomoglo da se postupno pripreme za intenzivne dane koji slijede.
2. dan: Praktični Python, NLP i veliki jezični modeli
Drugog dana sudionici su cijeli program proveli na Python kodiranju. Nevena Vučinić i Novak Martinović (Persida) vodili su ih kroz praktične vježbe.
Osim toga, sesije su istraživale obradu prirodnog jezika (NLP) i velike jezične modele (LLM) za biomedicinska istraživanja. Intenzivno kodiranje bilo je zahtjevno. Međutim, postalo je i jedan od vrhunaca Ljetne škole.
3. dan: Analiza genomskih podataka i obuka za Linux
U srijedu se fokus prebacio na tijekove rada u genomici. Branka Zukić (IMGGE) predstavila je tijek rada sekvenciranja sljedeće generacije. Nakon njezine sesije, Nevena Vučinić (Persida) uvela je analizu genomskih podataka pomoću NextFlowa.
Štoviše, Biljana Stanković (IMGGE) održala je popularno predavanje o osnovama Linuxa. U poslijepodnevnim satima, Đorđe Pavlović (IMGGE) vodio je praktične sesije o mapiranju sirovih očitanja i pozivanju varijanti, što su sudionici smatrali iznimno korisnim.
4. dan: Alati farmakogenomike i praktične primjene
Četvrtak je bio usredotočen na farmakogenomiku (PGx). Branislava Gemović (C4IR) objasnila je genomske repozitorije, a nakon nje Nikola Kotur (IMGGE) PGx baze podataka i bioinformatičke alate. Kasnije je Marina Jelovac (IMGGE) predstavila populacijsku farmakogenomiku.
U poslijepodnevnim satima, Marina Jelovac također je demonstrirala alat Stargazer. Nakon toga, Biljana Stanković i Nikola Kotur predstavili su alat PharmCAT. Obje sesije istaknule su se svojim praktičnim primjenama.
5. dan: Anotacija varijanti, HLA tipizacija i buduće vještine
Posljednji dan započeo je s Ivom Sabolić (Labena), koja je predstavila anotaciju varijanti. Zatim se Mihajlo Stašuk (IMGGE) pridružio virtualno kako bi govorio o bioinformatičkim alatima za HLA tipizaciju. Na kraju, Andrea Gelemanović (MedILS UNIST & MEFST) istaknula je mogućnosti za unaprjeđenje bioinformatičkih vještina.
Završne riječi Andree Gelemanović i Nikole Kotura priveli su program kraju. Njihove poruke naglasile su važnost suradnje i kontinuiranog učenja.
Timski rad i umrežavanje na Ljetnoj školi
Tijekom tjedna sudionici su se međusobno podržavali tijekom vježbi. Kao rezultat toga, timski rad postao je definirajuća značajka događaja.
Bilo je jasno da, iako je teorija pružila temelj, sudionici su preferirali praktične sesije. Ove aktivnosti omogućile su im da izravno primijene znanje, što je održavalo visoku razinu angažmana.
Gledajući unaprijed: Više ljetnih škola iz bioinformatike i farmakogenomike
Uspjeh prve InnoThyroGen ljetne škole potvrdio je vrijednost kombiniranja računalne obuke s biomedicinskim istraživanjem.
Organizatori zahvaljuju svim sudionicima na njihovoj predanosti i svim predavačima na njihovom doprinosu. Ovo je bila prva od tri planirane ljetne škole u sklopu projekta InnoThyroGen.
Sljedeća izdanja nadograđivat će se na ovom zamahu i ponuditi nove mogućnosti mladim istraživačima da ojačaju svoje vještine u bioinformatici i farmakogenomici.
📢 Pratite nas za novosti, pratite naše kanale i ne propustite priliku pridružiti se sljedećoj InnoThyroGen ljetnoj školi!
